Hoàn thiện kiểm soát nội bộ để chi phí được chấp nhận theo Thông tư 99/2025/TT-BTC

Trước hết, doanh nghiệp có nghĩa vụ tự xây dựng và ban hành quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương. Theo khoản 2 Điều 3 Thông tư 99/2025/TT-BTC, quy chế này phải phân định rõ ràng quyền hạn, nghĩa vụ và trách nhiệm của từng bộ phận, từng cá nhân có liên quan đến quá trình hình thành, thực hiện, quản lý và kiểm soát các giao dịch kinh tế phát sinh. Việc phân định không rõ ràng sẽ dẫn đến tình trạng chồng chéo trách nhiệm, thiếu căn cứ kiểm soát, từ đó làm tăng nguy cơ sai sót hoặc vi phạm khi ghi nhận chi phí.

Song song với đó, doanh nghiệp cần thiết lập và vận hành một quy trình kiểm soát nội bộ chặt chẽ đối với chi phí. Quy trình này phải đảm bảo mọi khoản chi đều được thực hiện, kiểm tra và phê duyệt đúng thẩm quyền, phù hợp với quy định của pháp luật về doanh nghiệp, pháp luật kế toán, thuế và các quy định pháp luật liên quan khác. Kiểm soát nội bộ không chỉ mang tính hình thức mà phải có khả năng truy vết, kiểm tra và giải trình khi cơ quan quản lý nhà nước yêu cầu.

Một yêu cầu trọng tâm là việc ban hành quy trình xét duyệt và thanh toán chi phí. Doanh nghiệp cần xây dựng quy trình xuyên suốt từ khâu đề xuất chi phí ban đầu đến khâu thanh toán và lưu trữ hồ sơ. Cụ thể, phải có bước đề xuất chi phí kèm theo căn cứ phát sinh, nhu cầu thực tế; bước phê duyệt chi phí theo các cấp thẩm quyền đã được quy định rõ trong quy chế nội bộ; bước nghiệm thu hàng hóa, dịch vụ đã nhận để xác nhận tính có thật và đầy đủ của giao dịch; bước lập bảng kê hoặc phiếu đề nghị thanh toán; cuối cùng là ban hành chứng từ chi và thực hiện lưu trữ hồ sơ theo đúng thời hạn, chế độ kế toán.

Đặc biệt, mọi giao dịch chi phí đều phải có hồ sơ hợp lệ và đầy đủ. Tùy từng loại chi phí, hồ sơ có thể bao gồm hợp đồng kinh tế (nếu có), hóa đơn tài chính hợp pháp, chứng từ thanh toán phù hợp với quy định (tiền mặt, chuyển khoản), phiếu chi hoặc ủy nhiệm chi, biên bản bàn giao hoặc nghiệm thu hàng hóa, dịch vụ. Đối với các khoản công tác phí, cần có quyết định hoặc đề nghị cử đi công tác, bảng thanh toán công tác phí và các chứng từ liên quan khác. Việc thiếu một trong các thành phần hồ sơ này có thể khiến khoản chi không được chấp nhận hoặc trở thành rủi ro lớn khi bị thanh tra, kiểm tra.

Tóm lại, Thông tư 99/2025/TT-BTC không chỉ thay đổi chuẩn mực và chế độ kế toán, mà còn gián tiếp buộc doanh nghiệp phải nâng cấp tư duy quản trị chi phí và kiểm soát nội bộ. Doanh nghiệp nào chủ động xây dựng quy trình rõ ràng, minh bạch, có kiểm soát và lưu trữ hồ sơ đầy đủ sẽ giảm thiểu đáng kể rủi ro pháp lý, đồng thời tạo nền tảng quản trị tài chính bền vững trong giai đoạn mới.