Ai phải nộp thuế tiêu thụ đặc biệt khi bán hàng vào khu phi thuế quan?

Chính sách thuế có bước thay đổi đáng chú ý

Cục Hải quan vừa yêu cầu các Chi cục Hải quan khu vực triển khai thống nhất hướng dẫn của Bộ Tài chính về thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) đối với hàng hóa thuộc diện chịu thuế được đưa vào khu phi thuế quan.

Đây là vấn đề có ý nghĩa thực tế đối với doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp hoạt động trong khu phi thuế quan cũng như các đơn vị nhập khẩu, sản xuất và kinh doanh thương mại. Nếu không xác định đúng thời điểm và chủ thể chịu trách nhiệm, doanh nghiệp có thể kê khai thiếu, kê khai trùng hoặc thực hiện nghĩa vụ thuế không đúng đối tượng.

Căn cứ hướng dẫn tại Công văn số 11086/BTC-CST ngày 27/7/2026, Cục Hải quan đề nghị các đơn vị phổ biến và hướng dẫn người nộp thuế thực hiện theo Luật Thuế TTĐB số 66/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 1/1/2026.

Điểm cần lưu ý là khu phi thuế quan không còn được áp dụng cách tiếp cận miễn trừ thuế TTĐB như trước đối với một số dòng hàng. Chính sách mới đặt trọng tâm vào bản chất của hàng hóa và khâu phát sinh nghĩa vụ thuế, thay vì chỉ căn cứ vào địa điểm hàng hóa được đưa đến.

Hàng vào khu phi thuế quan được nhìn nhận theo khâu phát sinh thuế

Luật Thuế TTĐB mới đã loại bỏ quy định không chịu thuế đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan, hàng hóa từ nội địa đưa vào khu phi thuế quan và hàng hóa trao đổi giữa các khu phi thuế quan.

Theo đó, kể từ ngày 1/1/2026, nếu hàng hóa thuộc diện chịu thuế TTĐB được đưa vào khu phi thuế quan thì về nguyên tắc vẫn phải xem xét nghĩa vụ thuế theo quy định chung. Cách thiết kế này hướng tới việc đưa hoạt động tiêu dùng các mặt hàng chịu thuế vào cùng một khuôn khổ quản lý, bất kể hàng hóa được đưa vào khu phi thuế quan hay lưu thông trên thị trường nội địa.

Tuy nhiên, không phải mọi giao dịch phát sinh tại khu phi thuế quan đều dẫn tới việc doanh nghiệp tại đây phải trực tiếp nộp thuế. Chủ thể chịu trách nhiệm được xác định dựa trên nguồn gốc hàng hóa và khâu giao dịch cụ thể.

Đây là điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi xây dựng quy trình mua hàng, xuất bán, lập hóa đơn, chứng từ và kê khai thuế.

Nhập khẩu trực tiếp: doanh nghiệp trong khu phi thuế quan chịu trách nhiệm

Đối với hàng hóa được đưa trực tiếp từ nước ngoài vào khu phi thuế quan, doanh nghiệp hoạt động trong khu phi thuế quan là chủ thể thực hiện nghĩa vụ thuế TTĐB theo hướng dẫn.

Quy định này đặt trách nhiệm tại chính khâu nhập khẩu, qua đó giúp cơ quan quản lý xác định rõ chủ thể kê khai và nộp thuế thay vì để phát sinh nhiều cách hiểu khác nhau trong quá trình thực hiện.

Vì vậy, doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ nhập khẩu, xác định hàng hóa có thuộc diện chịu thuế TTĐB hay không và thực hiện nghĩa vụ tương ứng ngay tại khâu nhập khẩu.

Mua hàng từ nhà sản xuất: nghĩa vụ thuế thuộc khâu sản xuất

Trường hợp doanh nghiệp trong khu phi thuế quan mua hàng trực tiếp từ cơ sở sản xuất hoặc gia công trong nước, doanh nghiệp sản xuất, gia công là bên có trách nhiệm kê khai và nộp thuế TTĐB.

Điểm này cho thấy việc hàng hóa được chuyển từ nội địa vào khu phi thuế quan không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp nhận hàng phải tiếp tục kê khai thuế nếu nghĩa vụ đã được xác định và thực hiện tại khâu sản xuất bán ra.

Cách phân định này có ý nghĩa quan trọng trong việc tránh tình trạng một lô hàng bị tính nghĩa vụ thuế nhiều lần ở các khâu khác nhau.

Mua qua doanh nghiệp thương mại: cần xác định khâu chịu thuế ban đầu

Đối với hàng hóa được doanh nghiệp trong khu phi thuế quan mua thông qua doanh nghiệp thương mại, việc xác định nghĩa vụ thuế được đặt tại khâu nhập khẩu đầu tiên hoặc khâu sản xuất bán ra.

Nói cách khác, doanh nghiệp thương mại thực hiện hoạt động mua đi bán lại ở các khâu sau không phải là chủ thể tiếp tục kê khai và nộp thuế TTĐB chỉ vì hàng hóa được bán vào khu phi thuế quan.

Quy định này áp dụng không phụ thuộc hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu hay được sản xuất trong nước. Vì vậy, doanh nghiệp thương mại cần phân biệt rõ mình đang thực hiện giao dịch ở khâu nào trong chuỗi cung ứng và nghĩa vụ TTĐB của hàng hóa đã được thực hiện trước đó hay chưa.

Không thu thuế lặp lại đối với cùng một hàng hóa

Một nội dung đáng chú ý khác là doanh nghiệp trong khu phi thuế quan không phải tiếp tục kê khai, nộp thuế TTĐB khi mua hàng chịu thuế từ thị trường trong nước nếu khoản thuế tương ứng đã được kê khai và nộp tại khâu nhập khẩu hoặc khâu sản xuất bán ra.

Nguyên tắc này nhằm ngăn việc cùng một hàng hóa phải chịu nghĩa vụ thuế nhiều lần chỉ do trải qua nhiều giao dịch mua bán.

Đồng thời, quy định cũng tạo cơ sở để phân định trách nhiệm giữa các chủ thể trong chuỗi cung ứng. Thay vì xác định nghĩa vụ thuế lại ở từng giao dịch, cơ quan quản lý tập trung vào khâu mà pháp luật xác định là nơi phát sinh trách nhiệm nộp thuế.

Do đó, chứng từ chứng minh nguồn gốc hàng hóa và tình trạng thực hiện nghĩa vụ thuế trở nên đặc biệt quan trọng đối với doanh nghiệp.

Doanh nghiệp cần rà soát lại quy trình nội bộ

Việc thay đổi chính sách đòi hỏi doanh nghiệp không chỉ quan tâm đến mức thuế mà còn phải kiểm tra toàn bộ quy trình giao dịch.

Trước hết, doanh nghiệp cần lập danh mục các mặt hàng đang kinh doanh để xác định hàng nào thuộc diện chịu thuế TTĐB. Tiếp đó, cần phân loại nguồn hàng theo các nhóm như nhập khẩu trực tiếp, mua từ nhà sản xuất trong nước hoặc mua qua doanh nghiệp thương mại.

Trên cơ sở đó, doanh nghiệp xác định khâu đã phát sinh nghĩa vụ thuế và kiểm tra chứng từ liên quan. Việc đối chiếu này giúp hạn chế nguy cơ kê khai thiếu thuế nhưng cũng tránh việc nộp thuế trùng đối với hàng hóa đã hoàn thành nghĩa vụ ở khâu trước.

Đặc biệt, các doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp hoạt động trong khu phi thuế quan cần phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận mua hàng, xuất nhập khẩu, kế toán và thuế. Thông tin về nguồn gốc hàng hóa, hợp đồng, hóa đơn, tờ khai và chứng từ nộp thuế cần được quản lý thống nhất.

Thay đổi chính sách hướng tới quản lý thuế nhất quán hơn

Việc điều chỉnh chính sách TTĐB đối với hàng hóa đưa vào khu phi thuế quan không chỉ nhằm xử lý một nhóm giao dịch cụ thể mà còn phản ánh định hướng mở rộng cơ sở thuế và tăng tính nhất quán trong quản lý.

Thuế TTĐB vốn được thiết kế để điều tiết đối với những hàng hóa, dịch vụ mà Nhà nước định hướng hạn chế tiêu dùng hoặc cần điều tiết ở mức độ nhất định. Khi phạm vi áp dụng được điều chỉnh, việc xác định nghĩa vụ thuế không còn phụ thuộc đơn thuần vào việc hàng hóa được đưa vào khu vực nào.

Về phía doanh nghiệp, điều quan trọng nhất là chuyển từ cách hiểu “hàng vào khu phi thuế quan thì không chịu thuế” sang cách tiếp cận dựa trên loại hàng hóa, nguồn hàng và khâu phát sinh nghĩa vụ thuế.
 

Đây cũng là cơ sở để doanh nghiệp chủ động kiểm soát rủi ro, chuẩn hóa hồ sơ và hạn chế tranh chấp trong quá trình kê khai, quyết toán hoặc kiểm tra sau thông quan.

Cần đặc biệt chú trọng hồ sơ và chứng từ

Trong bối cảnh chính sách mới được áp dụng, chứng từ không chỉ phục vụ mục đích kế toán mà còn là căn cứ quan trọng để chứng minh nghĩa vụ thuế đã được thực hiện ở khâu nào.

Doanh nghiệp nên lưu giữ đầy đủ hồ sơ liên quan đến nguồn gốc hàng hóa, giao dịch mua bán và chứng từ chứng minh việc kê khai, nộp thuế TTĐB. Khi hàng hóa tiếp tục được bán qua nhiều doanh nghiệp thương mại, việc xác định khâu đầu tiên đã phát sinh nghĩa vụ thuế càng cần được kiểm soát chặt chẽ.

Việc chuẩn hóa quy trình ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp giảm nguy cơ bị truy thu do xác định sai chủ thể, đồng thời tránh phát sinh chi phí do kê khai và nộp thuế không đúng quy định.