Thông tư 94/2026: 3 thay đổi lớn về quản lý rủi ro thuế

Quản lý rủi ro thuế được mở rộng thêm nguồn thông tin

Một trong những thay đổi đáng chú ý của Thông tư 94/2026/TT-BTC là việc mở rộng hệ thống dữ liệu được sử dụng để đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro của người nộp thuế.

Bên cạnh những thông tin vốn được sử dụng trong quản lý thuế như đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế, tình hình nộp và nợ thuế, chính sách mới bổ sung thêm hai nhóm dữ liệu quan trọng:

• Thông tin liên quan đến quan hệ góp vốn và quan hệ liên kết;
• Thông tin về kết quả kiểm toán, điều tra và việc xử lý sau kiểm toán, điều tra.

Việc bổ sung các nguồn dữ liệu này cho thấy hoạt động đánh giá rủi ro đang được chuyển theo hướng khai thác nhiều hơn các mối quan hệ và thông tin có khả năng phản ánh bản chất hoạt động của người nộp thuế.

Đặc biệt, thông tin về quan hệ liên kết có thể giúp cơ quan thuế nhận diện những trường hợp cần được xem xét kỹ hơn trong quá trình quản lý. Trong khi đó, dữ liệu từ kiểm toán, điều tra và kết quả xử lý sau kiểm toán, điều tra tạo thêm cơ sở để đánh giá lịch sử tuân thủ của người nộp thuế.

Như vậy, doanh nghiệp không chỉ cần quan tâm đến việc kê khai và nộp thuế đúng hạn mà còn phải chú trọng tính thống nhất, minh bạch của thông tin được cung cấp trong toàn bộ quá trình hoạt động.

Đăng ký thuế: cách xử lý được phân hóa theo mức độ rủi ro

Thông tư 94/2026/TT-BTC xác định ba cấp độ rủi ro trong nghiệp vụ quản lý thuế, gồm:

• Rủi ro cao;
• Rủi ro trung bình;
• Rủi ro thấp.

Việc phân loại này là cơ sở để cơ quan thuế lựa chọn biện pháp quản lý tương ứng thay vì áp dụng cùng một cách thức xử lý cho tất cả người nộp thuế.

Thay đổi khi chuyển cơ quan thuế quản lý

Đối với trường hợp thay đổi thông tin đăng ký thuế dẫn đến thay đổi cơ quan thuế trực tiếp quản lý, quy định mới có sự điều chỉnh đáng chú ý đối với người nộp thuế thuộc diện rủi ro cao.

Theo đó, việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được giao cho cơ quan thuế nơi chuyển đi thực hiện.

So với cơ chế trước đây có sự phối hợp giữa cơ quan thuế nơi chuyển đi và nơi chuyển đến trong một số hoạt động kiểm tra, cách tiếp cận mới có xu hướng xác định rõ hơn trách nhiệm của cơ quan thuế trong quá trình chuyển giao quản lý.

Điều này có thể giúp giảm sự chồng chéo về xử lý hồ sơ, đồng thời tập trung hoạt động kiểm tra vào cơ quan thuế đang quản lý người nộp thuế trước thời điểm thay đổi.

Khôi phục mã số thuế: người nộp thuế rủi ro cao được kiểm soát chặt hơn

Một nội dung mới khác liên quan đến việc khôi phục mã số thuế.

Thông tư 94 quy định người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro cao phải được rà soát, kiểm tra trước khi thực hiện khôi phục mã số thuế.

Trong khi đó, đối với nhóm rủi ro trung bình và rủi ro thấp, việc khôi phục được thực hiện theo quy định mà không áp dụng cơ chế kiểm tra trước tương tự nhóm rủi ro cao.

Có thể thấy, mức độ rủi ro trở thành yếu tố quyết định đáng kể đến cách cơ quan thuế xử lý hồ sơ. Người nộp thuế có mức độ rủi ro càng cao thì khả năng phải trải qua các bước rà soát trước khi được giải quyết càng lớn.

Chấm dứt mã số thuế: tập trung xử lý theo từng nhóm rủi ro

Đối với trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế, Thông tư 94 cũng thiết kế phương thức quản lý khác nhau dựa trên mức độ rủi ro.

Nhóm rủi ro cao

Người nộp thuế thuộc nhóm này được thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở theo quy định.

Nhóm rủi ro trung bình và thấp

Thay vì áp dụng cùng một biện pháp kiểm tra như nhóm rủi ro cao, cơ quan thuế tập trung vào việc đôn đốc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi thực hiện các thủ tục liên quan đến giải thể, phá sản hoặc ngừng hoạt động.

Cách phân loại này thể hiện rõ nguyên tắc quản lý dựa trên rủi ro: nguồn lực kiểm tra được ưu tiên cho những trường hợp có khả năng phát sinh rủi ro lớn hơn, trong khi các trường hợp có mức độ rủi ro thấp được xử lý theo hướng đôn đốc và giám sát việc hoàn thành nghĩa vụ.

Hoàn thuế: không phải toàn bộ hồ sơ đều được xử lý theo một cách

Hoàn thuế tiếp tục là một trong những nghiệp vụ được Thông tư 94 điều chỉnh theo hướng phân loại cụ thể hơn.

Nguyên tắc cơ bản vẫn được duy trì: hồ sơ có rủi ro cao sẽ được kiểm tra trước khi hoàn thuế.

Tuy nhiên, cách xử lý được phân biệt giữa hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và các hồ sơ hoàn thuế, khoản thu khác.

Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

Đối với hồ sơ có mức độ rủi ro cao, cơ quan thuế về nguyên tắc thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Tuy nhiên, chính sách mới vẫn dành một số trường hợp để áp dụng cơ chế hoàn trước, kiểm tra sau. Điều này có thể xảy ra khi hồ sơ trước đó có kết quả kiểm tra không phát hiện sai phạm dẫn đến thiếu thuế hoặc làm tăng số thuế được hoàn và hồ sơ hiện tại không tiếp tục rơi vào nhóm rủi ro cao theo các tiêu chí khác.

Đối với hồ sơ thuộc nhóm rủi ro trung bình hoặc thấp, cơ chế hoàn trước, kiểm tra sau tiếp tục được áp dụng đối với phần thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro.

Ngược lại, nếu trong quá trình xử lý xuất hiện dấu hiệu bất thường, cơ quan thuế có thể tạm dừng việc hoàn thuế đối với khoản tiền có rủi ro để tiếp tục thu thập thông tin, rà soát và kiểm tra.

Điểm đáng chú ý ở đây là việc phân loại rủi ro không nhất thiết chỉ được xem xét tại thời điểm tiếp nhận hồ sơ. Thông tin mới phát sinh trong quá trình giải quyết cũng có thể làm thay đổi cách thức xử lý.

Các hồ sơ hoàn thuế khác

Đối với những hồ sơ hoàn thuế khác hoặc khoản thu khác, nguyên tắc được quy định theo mức độ rủi ro:

• Rủi ro cao: kiểm tra trước, hoàn thuế sau;
• Rủi ro trung bình và thấp: hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Cách tiếp cận này giúp phân bổ nguồn lực quản lý theo mức độ rủi ro thay vì kiểm tra trước đối với mọi trường hợp.

Có thể thay đổi hình thức kiểm tra trong quá trình giải quyết hoàn thuế

Một điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là hình thức xử lý hồ sơ hoàn thuế không phải lúc nào cũng cố định từ đầu đến cuối.

Nếu sau khi hệ thống phân loại hồ sơ hoặc trong quá trình giải quyết, cơ quan thuế thu thập được thông tin cho thấy hồ sơ có dấu hiệu rủi ro cao, hồ sơ đang thuộc diện hoàn trước, kiểm tra sau có thể được chuyển sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Điều này có nghĩa doanh nghiệp không nên hiểu rằng việc hồ sơ ban đầu được xếp vào nhóm hoàn trước, kiểm tra sau đồng nghĩa chắc chắn sẽ được hoàn thuế theo cơ chế này đến khi kết thúc.

Việc đánh giá rủi ro có thể tiếp tục được cập nhật dựa trên những thông tin mà cơ quan thuế thu thập trong quá trình xử lý.

Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi áp dụng quy định mới?

Từ những thay đổi trên, có thể thấy Thông tư 94/2026/TT-BTC đang đẩy mạnh phương thức quản lý thuế dựa trên dữ liệu và mức độ rủi ro.

Doanh nghiệp nên đặc biệt chú ý ba vấn đề.

Một là, kiểm soát tính chính xác của dữ liệu thuế. Thông tin về đăng ký, góp vốn, quan hệ liên kết, tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế và các dữ liệu liên quan cần được cập nhật đầy đủ, thống nhất.

Hai là, chủ động rà soát nghĩa vụ thuế trước các thủ tục quan trọng. Các trường hợp khôi phục mã số thuế, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc đề nghị hoàn thuế có thể chịu cách thức xử lý khác nhau tùy theo mức độ rủi ro.

Ba là, không chỉ quan tâm đến thời điểm nộp hồ sơ. Đặc biệt với hồ sơ hoàn thuế, thông tin mới được phát hiện trong quá trình xử lý có thể dẫn đến việc thay đổi phương thức giải quyết.

Nhìn tổng thể, Thông tư 94/2026/TT-BTC tiếp tục củng cố mô hình quản lý thuế dựa trên tuân thủ và rủi ro. Thay vì kiểm soát đồng đều tất cả người nộp thuế, cơ quan quản lý có thêm dữ liệu để nhận diện nhóm có nguy cơ cao và tập trung biện pháp kiểm tra vào những trường hợp cần thiết.

Đối với doanh nghiệp, điều này đồng nghĩa với việc xây dựng hệ thống quản trị thuế minh bạch, nhất quán và chủ động kiểm soát rủi ro ngày càng trở nên quan trọng.