Quy trình kiểm tra thuế mới: Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Quy trình kiểm tra thuế được thay đổi theo hướng nào?

Ngày 14/8/2026, Cục trưởng Cục Thuế ban hành Quyết định 1161/QĐ-CT kèm theo Quy trình kiểm tra thuế mới. Văn bản có hiệu lực ngay từ ngày ban hành và đồng thời thay thế Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023, ngoại trừ một số trường hợp được xử lý theo quy định chuyển tiếp.

Điểm đáng chú ý không chỉ nằm ở việc thay thế một quy trình cũ, mà còn thể hiện rõ sự thay đổi trong phương thức quản lý thuế. Thay vì kiểm tra theo cách tiếp cận tương đối đồng đều, cơ quan thuế có xu hướng sử dụng thông tin, dữ liệu và mức độ rủi ro để xác định đối tượng cần tập trung kiểm tra.

Theo quy trình mới, kiểm tra thuế được tổ chức theo hai hướng chính: kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Với hồ sơ có mức độ rủi ro cao, cơ quan thuế có thể thực hiện rà soát, yêu cầu giải trình hoặc bổ sung tài liệu ngay từ giai đoạn kiểm tra hồ sơ.

Khi nào doanh nghiệp có thể bị kiểm tra tại trụ sở?

Quy trình mới xác định khá rộng các trường hợp có thể dẫn đến việc kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế. Đây là nhóm trường hợp doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm vì việc kiểm tra không chỉ xuất phát từ kế hoạch định kỳ.

Một số tình huống đáng chú ý gồm kiểm tra hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp hoàn trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro; doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế; hoặc được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề của cơ quan thuế.

Ngoài ra, doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao khi thực hiện các hoạt động như chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh cũng thuộc nhóm có thể được kiểm tra tại trụ sở.

Đáng chú ý, việc kiểm tra còn có thể được tiến hành theo yêu cầu của cơ quan hoặc người có thẩm quyền, phục vụ giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế, hoặc đối với hồ sơ miễn, giảm thuế được đánh giá có rủi ro cao.

Kiểm tra thuế đang chuyển mạnh sang quản lý bằng dữ liệu

Một trong những điểm có ý nghĩa thực tế lớn nhất của Quyết định 1161/QĐ-CT là việc ưu tiên sử dụng công nghệ thông tin và kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử.

Theo quy trình, hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế được rà soát trên cơ sở quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ. Với những loại hồ sơ đã có hệ thống công nghệ hỗ trợ, cơ quan thuế có thể sử dụng ứng dụng chuyên ngành để phân tích, đánh giá rủi ro và xác định hồ sơ cần kiểm tra sâu hơn.

Điều này tạo ra một thay đổi quan trọng đối với doanh nghiệp: hồ sơ thuế không còn đơn thuần được xem xét dựa trên những gì doanh nghiệp xuất trình khi có đoàn kiểm tra, mà còn có thể được đối chiếu, phân tích từ dữ liệu đã được cơ quan thuế quản lý.

Khi phát hiện vấn đề cần làm rõ, cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình hoặc cung cấp thêm thông tin, tài liệu. Mục tiêu là đánh giá mức độ phù hợp, đầy đủ, chính xác của hồ sơ và xác định việc tuân thủ nghĩa vụ thuế.

Những trường hợp kiểm tra đột xuất cần đặc biệt lưu ý

Quy trình mới cũng quy định các tình huống có thể kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế mà không nhất thiết phải lập kế hoạch kiểm tra trước.

Nhóm này bao gồm trường hợp phát sinh từ yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo; theo chỉ đạo của người đứng đầu cơ quan thuế hoặc cấp trên; theo đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền; cũng như trường hợp người nộp thuế có rủi ro cao trong quá trình tổ chức lại hoặc chấm dứt hoạt động.

Bên cạnh đó, hồ sơ có dấu hiệu vi phạm, hồ sơ miễn hoặc giảm thuế có rủi ro cao, hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế và một số trường hợp phát sinh sau quá trình kiểm tra tại cơ quan thuế cũng có thể trở thành đối tượng kiểm tra đột xuất.

Như vậy, việc doanh nghiệp không nằm trong kế hoạch kiểm tra thường xuyên không đồng nghĩa với việc hoàn toàn không có khả năng được cơ quan thuế rà soát.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước phương thức kiểm tra mới?

Sự thay đổi trong quy trình kiểm tra thuế đặt ra yêu cầu cao hơn đối với công tác quản trị thuế nội bộ. Doanh nghiệp không nên chờ đến khi nhận thông báo kiểm tra mới bắt đầu rà soát chứng từ, hóa đơn và sổ sách.

Một số việc doanh nghiệp nên chủ động thực hiện

• Định kỳ đối chiếu hóa đơn đầu vào, đầu ra với tờ khai thuế, sổ kế toán và báo cáo tài chính.
• Kiểm tra các khoản doanh thu, chi phí, công nợ và giao dịch có giá trị lớn để phát hiện sai lệch trước khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.
• Lưu trữ có hệ thống hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, hồ sơ giao dịch và tài liệu chứng minh bản chất kinh tế của từng khoản mục.
• Xây dựng quy trình phản hồi khi cơ quan thuế yêu cầu cung cấp thông tin hoặc giải trình.

Đặc biệt, doanh nghiệp đang trong quá trình sáp nhập, chuyển đổi loại hình, giải thể, chấm dứt hoạt động hoặc thay đổi địa điểm kinh doanh cần đánh giá nghĩa vụ thuế một cách toàn diện trước khi thực hiện thủ tục. Đây là những nhóm trường hợp được Quy trình kiểm tra thuế mới xác định có thể thuộc diện kiểm tra khi mức độ rủi ro cao.

Tác động lớn nhất: tuân thủ thuế phải trở thành hoạt động thường xuyên

Quyết định 1161/QĐ-CT cho thấy quản lý thuế đang tiến gần hơn đến mô hình dựa trên dữ liệu và phân tích rủi ro. Đây là xu hướng có thể giúp cơ quan thuế tập trung nguồn lực vào những trường hợp có khả năng phát sinh sai phạm, đồng thời hạn chế việc kiểm tra dàn trải đối với người nộp thuế có mức độ tuân thủ tốt.

Với doanh nghiệp, mặt tích cực là nếu duy trì hồ sơ minh bạch, dữ liệu nhất quán và thực hiện nghĩa vụ thuế đầy đủ, khả năng giải trình khi được yêu cầu sẽ thuận lợi hơn. Ngược lại, những sai lệch kéo dài giữa hóa đơn, khai thuế, kế toán và dữ liệu giao dịch có thể trở thành điểm cần được làm rõ khi hệ thống quản lý rủi ro phát hiện bất thường.

Do đó, quản trị thuế trong giai đoạn mới không nên được hiểu đơn giản là “chuẩn bị để tiếp đoàn kiểm tra”. Cách tiếp cận hiệu quả hơn là xây dựng cơ chế tự kiểm tra liên tục, trong đó các sai sót được nhận diện và điều chỉnh ngay từ bên trong doanh nghiệp.

Quy định chuyển tiếp cũng là vấn đề cần quan tâm

Quyết định 1161/QĐ-CT không áp dụng một cách máy móc cho tất cả cuộc kiểm tra đang diễn ra. Quyết định có quy định riêng đối với những cuộc kiểm tra được ban hành trước ngày 1/7/2026 nhưng đến thời điểm quy trình mới có hiệu lực vẫn chưa có kết luận hoặc quyết định xử lý; đồng thời có cơ chế xử lý đối với cuộc kiểm tra được ban hành từ ngày 1/7/2026 đến trước ngày 14/8/2026.

Điều này có ý nghĩa thực tế bởi doanh nghiệp đang trong quá trình kiểm tra cần xác định chính xác thời điểm ban hành quyết định kiểm tra và trạng thái xử lý hồ sơ để biết quy trình nào được áp dụng cho từng giai đoạn.

Kết luận

Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 đánh dấu bước điều chỉnh đáng chú ý trong hoạt động kiểm tra thuế. Trọng tâm không chỉ là quy định lại trình tự nghiệp vụ của cơ quan thuế mà còn thúc đẩy phương thức quản lý dựa trên rủi ro, mức độ tuân thủ và dữ liệu điện tử.

Đối với doanh nghiệp, thông điệp quan trọng nhất là không nên coi kiểm tra thuế như một sự kiện bất ngờ chỉ xuất hiện khi cơ quan thuế ban hành quyết định. Trong môi trường quản lý thuế ngày càng số hóa, việc duy trì dữ liệu chính xác, chứng từ đầy đủ, giao dịch minh bạch và khả năng giải trình nhất quán sẽ trở thành nền tảng quan trọng để giảm thiểu rủi ro.